Laboratorium biologii i mikrobiologii, toksykologii oraz hydrobiologii i limnologii (K-79)
W laboratorium tym prowadzone są zajęcia dydaktyczne oraz prace naukowo-badawcze w zakresie: oceny mikrobiologicznej jakości wody, oceny stanu sanitarnego powietrza i gleby, oceny hydrobiologicznej osady czynnego, badań mikrobiologicznych i parazytologicznych osadów ściekowych, badań nad unieszkodliwianiem niebezpiecznych odpadów organicznych, badań skuteczności metod dezynfekcji wody.
Laboratorium technologii i odnowy wody (K-15)
W laboratorium tym prowadzone są zajęcia dydaktyczne oraz prace naukowo-badawcze w zakresie: badań technologicznych uzdatniania wody, badań nad wykorzystaniem nowych materiałów filtracyjnych oraz opracowywania i wdrażania nowoczesnych technologii uzdatniania wody do picia i celów specjalnych.
Laboratorium biotechnologii i biochemii (K-10)
W laboratorium tym prowadzone są zajęcia dydaktyczne oraz prace naukowo-badawcze w zakresie: badań nad wykorzystaniem nowych materiałów filtracyjnych do usuwania azotu amonowego z wody, badań biofiltracji wody z zastosowaniem sorbentów naturalnych.
Unikalna aparatura w tym laboratorium: modelowa stacja uzdatniania wody do przeprowadzania badań technologicznych w skali półtechnicznej.
Laboratorium metod biotechnologicznych w ochronie środowiska (K-52)
W laboratorium tym prowadzone są zajęcia dydaktyczne oraz prace naukowo-badawcze w zakresie: badań wpływu produkcji roślin energetycznych i przemysłowych nawożonych osadami ściekowymi na środowisko wodno-gruntowe, badań nad procesem biosorpcji metali w środowisku wodno-gruntowym.
Aparatura:

Mikroskop fluoroscencyjny OLYMPUS BX51,

Fotometr płomieniowy,

Spektrofotometr rentgenowski S2PICOFOX,

Analizator TOC Sievers 5310C z autosamplerem,

Cytometr przepływowy Partec Cube 6 (Sysmex-Partec)

Luminometr GloMax 20/20

Komora laminarna pionowa,

Automatyczny licznik kolonii aCOLyte, SYNBIOSIS,

Dejonizator wody SolPure 7,

Spektrofotometr Hach-Lange DR 500,

Mikroskopy PANTHERA,

Sonifikator Vibra-cell Labo Plus 28,

Przenośny miernik pH, przewodności, tlenu rozpuszczonego Hach HQ40d,
komory Kolkvitza, mikroskop z kamerą, spektrofotometr Merck, spektrofotometr UV (Shimadzu)